Le CEN Savoie anime trois sites Natura 2000, présentés sur ce site web :
- Lac du Bourget - Chautagne (sauf Rhône) : S8
- Coeur de Savoie - Cluse de Chambéry : S12 (site en chantier)
- Ruisseaux alpins à carex : S39 (site en chantier)
Il accompagne les collectivités animatrices de trois autres sites Natura 2000,
non présentés ici :
- Val Gelon-Basse Maurienne (S40), animé par la Communauté de communes Porte de Maurienne
- Marais de l'Albanais (10), animé par le Syndicat Intercommunal de Gestion des Etangs de l'Albanais
- Lac du Bourget-Chautagne- Rhône (S8 partie Rhône), animé par le Syndicat du Haut-Rhône
- Marais et falaises de l'Avant-Pays savoyard, animé par le Syndicat Mixte de l'Avant-Pays Savoyard